1980-е и 1990-е. Понижение во 2 дивизион и последующее возвращение
В 1982 году на пост главного тренера пригласили Милана Мильяновича, но после провального сезона за 7 игр до конца чемпионата его заменил Кольдо Агуэро, но, не смотря на это, "Валенсия" не сумела удержать своё место в высшем дивизионе. В провальном для валенсийцев сезоне президентом клуба Висенте Торно, при котором "Валенсия" погрязла в долгах. В сезоне 1984/85 года клуб не сумел преодолеть трудности, связанные с невыплатой зарплаты игрокам и руководству клуба, а также низким командным духом. Впервые в истории клуба за 55 лет в футбольной элите "Валенсия" вылетела в низший дивизион.
Артуро Тузон в качестве президента клуба вместе с тренером Альфредо Ди Стефано помог "Валенсии" вернуться в Примеру. Ди Стефано оставался тренером клуба до того, как в сезоне 1987/88 клуб под его управлением не занял 14-е место. В 1989 году в клуб пришёл болгарский форвард Любослав Пенеев в рамках валенсийской программы объединения.
Гус Хиддинк возглавил клуб в 1991 году. Под его управлением клуб занял 4-е место в чемпионате, но вылетел из Кубка Испании на четвертьфинальной стадии. В 1992 году "Валенсия" стала спортивным обществом с ограниченным членством (Sporting Limited Company) и удержала Хиддинка во главе команды до 1993 года.
Карлос Альберто Паррейра сразу же после успеха на чемпионате мира 1994 со сборной Бразилии стал главным тренером клуба и тотчас приобрёл испанского голкипера Андони Субисаррета, российского форварда Олега Саленко и нападающего Предрага Мьятовича. Паррейра не оправдал ожидаемых от него результатов и был заменён Хосе Мануэлем Риелло. В середине 1990-х клуб не смог выиграть никаких трофеев не смотря на то, что в составе команды были такие игроки как: Ромарио, Клаудио Лопес, Ариэль Ортега, Адриан Илие, а командой руководили такие тренеры как: Луис Арагонес и Хорхе Вальдано.
По руководством Раньери клуб завоевал Кубок Испании в сезоне 1998/99.
Недавние успехи
После того как на пост главного тренера пришел Эктор Купер, сменивший Раньери, "Валенсия" впервые попала в финал Лиги Чемпионов в 2000-м году, но уступила в финале "Реалу" со счётом 0-3. В следующем году Куперу снова удалось вывести "Валенсию" в финал Лиги Чемпионов, но, как и год назад, клуб снова проиграл, на этот раз, "Баварии" в серии послематчевых пенальти.
Рафа Бенитес, заменив Эктора Купера, в сезоне 2001/02 привел валенсийцев к победе в чемпионате Испании (это была первая победа за последний 31 год). В том сезоне лучшим бомбардиром чемпионата стал игрок "Валенсии", полузащитник Рубен Бараха. В сезоне 2003/2004 "Валенсия" повторила свой триумф в чемпионате Испании, а также завоевала Кубок УЕФА.
